첫째, 대체로 선진국 정보기관들은 우리와 같이 해외, 국내, 북한과 같은 요소별 구분으로 편제가 되어 있지 않고 수집·공작, 정보 작성과 배포, 지원 등 기능적으로 부서가 구분되어 있다.
둘째, 실제로 요소별 차장 구분은 차장 산하 부서 간 차단 원칙의 준수로 수집된 첩보들이 각 부서의 파일에 사장되고 유기적 협조가 잘 되지 않는 경우가 많아 정작
필요한 정보를 대통령 등 정부에 제공하지 못하는 사례가 많다. 특히 국내 담당 차장 산하 부서! 정보 작성을 총괄할 경우 그 폐단이 더 심해진다.
셋째, 요소별 차장 구분은 그동안 국가정보기관을 해외정보기관과 국가보안 정보기관으로 분리하자는 논의를 야기하고 또 그 직책에 외교통상부와 경찰청과 같은 정보기관 밖의 부처 관리들을 임명하여 정보기관 안에 있는 직원들의 근무 사기를 떨어뜨리는 빌미를 제공하기도 하였다.
넷째, 기능적 개편은 그동안에 있은 잔손질 수준이 아니라 1961년 국가정보 기관이 설치된 이후 48년 만에 이루어지는 혁명적 개혁으로서, 2008년에 있은 새 정부의 부처 개편 취지인 기능적 통폐합과도 일치한다.
국가정보기관이 편제를 기능적으로 개편하는 것만으로 탈정치, 탈권력 기관으로 면모를 일신하기가 어렵다. 정치적 중립을 지키는 순수 정보기관으로 거듭나기 위하여 검토하여야 할 일들이 있다.
첫째, 선진국처럼 정책 수립·집행과 정보생산·배포에 분업이 이루어져야 한다. 국가정보원은 대공·외사·대정부전복·방첩·대테러 및 국제범죄 조직 등 국가안전에 관한 고유의 보안정보활동과 함께 국정운영의 사전 지식이 될 정보의 수집 평가와 배포만을 담당해야 한다. 정부 각 부처 고유의 정책 수립, 조정, 집행에까지 영향력을 미치면 안 된다.
둘째, 대부분의 선진국 국가정보기관에는 국가안보와 직접 관련이 없는 국내정치 관련 정보를 수집, 생산하고 정치공작을 담당하는 부서가 없다는 점이다. 국정원도 정당, 정치인, 고위 공직자 동향 등 사찰 성향의 첩보 수집을 하지 않을 것임을 선언하고 실제로 그러한 정보활동과 생산을 하는 부서를 폐지해야 한다.
신임 국정원장 취임 후 이른 시일 내 조직과 직무 등에 관한 개혁 복안이 구체화하여 21세기의 변화된 안보환경에 부응하는 순수한 의미의 선진 첨단 정보·보안기관으로 거듭날 것을 기대하여 마지않는다. 기존 편제에 오랫동안 익숙해온 내부의 반발이 예상된다. 그러나 이상의 혁명적 조치들이 구체화된다면
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